一般是用攪拌的方式來操作真空干燥機的，當然了在進行干燥的時候我們還需要進行不停的攪動，但是我們也應該要知道，不同人群對真空干燥機的要求那是不一樣的，所以說我們能夠進行適當的調整是比較好的。但是他也存在著的缺點，好比說他的結構比較的復雜，我們干燥所需要的時間也比較的長，產量也不是那么高，這些對我們的作業都會產生影響的，所以需要多留意。
一般來說，真空泵不能長時間工作，所以當真空度滿足真空干燥機干燥材料的要求時，先關閉真空閥，再關閉真空泵電源。
當真空度小于真空干燥設備的材料要求時，打開真空閥和真空泵電源，繼續抽真空，有利于延長真空泵的使用壽命，在程度上節省了更換真空泵或真空干燥機的成本。
一般來說，真空干燥機在運行中需要取樣，檢查物料干燥情況或分析物料，以便好地進行后續工序。取樣時，需要關閉真空泵，打開真空管閥，然后打開真空系統上的放空閥，讓設備進入氣體，先暫停主機工作。其中，可根據加工需要進行取樣。取樣后可重新開啟設備。
如果使用不當，真空干燥機會出現彎曲，密封套損壞，過濾頭變形和破裂現象，如真空管在干燥過程中，這是因為在干燥過程中的外部空氣進入反沖過濾器頭部，當機體達到較高的真空度時，會對真空系統的損壞造成正負流動的強大沖擊。
